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Las rutas mundiales de la invasión del cangrejo rojo a partir de su genética

Se han identificado las principales rutas de introducción del cangrejo rojo americano Procambarus clarkii en su proceso de invasión a lo largo y ancho del planeta. Se trata del cangrejo de agua dulce más cosmopolita del mundo y una de las especies con mayor impacto en la estructura y funcionamiento de los ecosistemas acuáticos. Los resultados ayudan a prevenir la expansión de esta especia invasora y a evitar posibles invasiones futuras. La reconstrucción de las principales rutas de invasión del cangrejo rojo se basa en el análisis genético de un gen mitocondrial (COI) de 1.412 cangrejos provenientes de 122 localidades del hemisferio norte. Se describen diversos escenarios de invasión que han dado lugar a distintos perfiles genéticos de las poblaciones invasoras. Por ejemplo, en Estados Unidos hay dos claras rutas de invasión, una hacia el oeste y otra hacia el este y el norte del área nativa. Las poblaciones del oeste de EEUU son más diversas genéticamente, probablemente porque se hayan transportado hasta allí cangrejos desde el área nativa en múltiples ocasiones, comenzando en la década de 1920. Los resultados genéticos señalan la zona oeste de EEUU (California), un área invadida, como el origen de las poblaciones invasoras de las Islas Hawái y una probable conexión con las poblaciones de Japón, y posteriormente en China. Los bajos niveles de diversidad genética del cangrejo rojo observados en Asia parecen corroborar el origen descrito en la literatura científica, donde un pequeño grupo de 20 cangrejos habría sido el origen de todas las poblaciones japonesas y chinas. En Europa se produjeron dos grandes introducciones desde Luisiana hacia el suroeste de España en 1973 (cerca de Badajoz) y 1974 (marismas del Guadalquivir), descritas por el propio promotor de ambas introducciones, el aristócrata Andrés Salvador de Habsburgo-Lorena. Las poblaciones generadas a partir de estas introducciones serían el origen de la mayor parte de las poblaciones europeas de esta especie. El gran número de individuos liberados en ambos eventos (250 hembras y 250 machos en Badajoz y más de 6.000 cangrejos en el Bajo Guadalquivir) ha propiciado que muchas poblaciones ibéricas del cangrejo rojo tengan elevados niveles de diversidad genética, aunque estos valores tienden a reducirse a medida que las poblaciones se alejan del suroeste ibérico. Sin embargo, un resultado inesperado del trabajo ha sido el hallazgo de un perfil genético único en las poblaciones del centro-oeste europeo, que no aparece en la península ibérica y que sugiere que otras introducciones no registradas hasta ahora han podido ocurrir desde otros lugares. información[at]ebd.csic.es: Oficialdegui et al (2019) Unravelling the global invasion routes of a worldwide invader, the red swamp crayfish (Procambarus clarkii). Freshwater Biol https://doi.org/10.1111/fwb.13312 


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/fwb.13312
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Caracterización del genoma accesible en el parásito de la malaria humana Plasmodium falciparum

Caracterización del genoma accesible en el parásito de la malaria humana Plasmodium falciparum

La malaria humana es una enfermedad devastadora y causa de pobreza en países en vías de desarrollo. Para desarrollarse y adaptarse a las condiciones cambiantes dentro del huésped Plasmodium falciparum experimenta cambios drásticos en la expresión de los genes. Con el objetivo de identificar regiones reguladoras en el genoma del parásito, se ha caracterizado el perfil de accesibilidad a la cromatina en dos líneas clonales en cuatro etapas del desarrollo durante el ciclo intraeritrocítico en sangre mediante la técnica del ATAC-seq. Se encontró que las regiones abiertas de la cromatina localizan preferentemente en los sitios de inicio de la transcripción (TSS). La accesibilidad a la cromatina por ATAC-seq es predictiva del nivel de transcripción activa y de los niveles de enriquecimiento de marcas de histonas H3K9ac y H3K4me3. Este ensayo ha permitido además identificar nuevas regiones reguladoras incluyendo TSS y elementos tipo enhancer. En este estudio se muestra que la dinámica de la accesibilidad de la cromatina coincide con los patrones temporales de expresión durante el desarrollo. El análisis de motivos enriquecidos en las regiones reguladoras activas específicas en cada etapa permite predecir los sitios de unión in vivo y la función de múltiples factores de transcripción ApiAP2. Por último, el estado de expresión activo de genes clonales variantes implicados en virulencia:  eba, phist, var y clag; está asociado a una señal de ATAC-seq diferencial en el promotor. En conjunto, este estudio identifica las regiones reguladoras del genoma con un papel esencial en el desarrollo del parásito y en la expresión clonal variante en P. falciparum. informacion[at]ebd.csic.es: Ruiz et al (2018) Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Nucleic Acids Res https://doi.org/10.1093/nar/gky643


https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gky643/5054866?guestAccessKey=c45cf7d4-f086-449f-a39e-246f7a8122fe