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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Como los cambios de funcionamiento de los ecosistemas afectan a la demografía de poblaciones animales

Como los cambios de funcionamiento de los ecosistemas afectan a la demografía de poblaciones animales

La variabilidad temporal de la productividad primaria puede modificar la calidad del hábitat para los consumidores al afectar los niveles de energía disponibles como recursos tróficos. Sin embargo, no queda claro cómo sus fluctuaciones puedan determinar la dinámica de poblaciones espacialmente estructuradas, donde los efectos de tamaño de hábitat, calidad y aislamiento han sido evaluados habitualmente como hábitats estáticos. Se presenta la primera evaluación empírica de los efectos de las fluctuaciones estocásticas de la productividad primaria sobre la dinámica de metapoblaciones de un consumidor primario. Para testar la hipótesis que las variaciones interanuales de la productividad primaria determinan los patrones espaciotemporales de ocupación del hábitat y los procesos de colonización y extinción, se utilizó un conjunto de datos recopilados durante 13 años de un roedor herbívoro. La variabilidad interanual en la productividad y la fenología de los periodos de crecimiento influenció de forma significativa los patrones de colonización y la dinámica de ocupación. Estos efectos conllevan cambios en la conectividad con otros parches de hábitat potencialmente ocupados, que a su vez retroalimentan la dinámica de ocupación. En línea con estos resultados, la dinámica de la productividad primaria representa más del 50% de la variación de la probabilidad de ocupación, dependiendo del tamaño del parche y la configuración del paisaje. La evidencia de una conexión entre la dinámica de la productividad primaria y los procesos poblacionales espaciotemporales tiene amplias implicaciones para la persistencia de metapoblaciones en entornos fluctuantes y cambiantes. informacion[at]ebd.csic.es: Fernández et al (2016) Variability in primary productivity determines metapopulation dynamics. Proc R Soc B 283: 20152998


http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2015.2998