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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Desarrollo de infraestructuras de investigación de ecosistemas a largo plazo en Europa.

Desarrollo de infraestructuras de investigación de ecosistemas a largo plazo en Europa.

Las infraestructuras de investigación ambiental distribuidas a lo largo del territorio son importantes para respaldar las evaluaciones de los efectos del cambio global en los paisajes, los ecosistemas y la sociedad. Estas infraestructuras deben proporcionar continuidad para estudiar los cambios a largo plazo, pero ser lo suficientemente flexibles como para responder a los rápidos desarrollos sociales y tecnológicos que modifican las prioridades de investigación. Este ejercicio de exploración de la perspectiva futura se realizó para identificar y priorizar las preguntas emergentes de investigación para el desarrollo de infraestructuras de investigación ecosistémica y socioecológica en Europa. Veinte preguntas de investigación cubrieron temas relacionados con las estructuras y procesos de los ecosistemas, los impactos de los impulsores antropogénicos en los ecosistemas, en los servicios ecosistémicos y en los sistemas socioecológicos, y los métodos e infraestructuras de investigación. Surgieron varias prioridades clave para el desarrollo de infraestructuras de investigación. Abordar problemas ambientales complejos requiere la adopción de un enfoque del sistema completo, logrado mediante la integración de mediciones bióticas, abióticas y socioeconómicas. La interoperabilidad entre las diferentes infraestructuras de investigación debe mejorarse mediante el desarrollo de mediciones estándar, la armonización de métodos y el establecimiento de capacidades y herramientas para la integración, procesamiento, almacenamiento y análisis de datos. Las futuras infraestructuras de investigación deberían admitir una variedad de enfoques metodológicos, incluida la observación, los experimentos y la modelización. También deben tener flexibilidad para responder a los nuevos requisitos, por ejemplo ajustando el diseño espacio-temporal de las mediciones. Cuando se introducen nuevos métodos, debe garantizarse la compatibilidad con importantes series de datos a largo plazo. Finalmente, los indicadores, las herramientas y los enfoques transdisciplinarios para identificar, cuantificar y valorar los servicios de los ecosistemas en escalas y dominios espaciales deben ser avanzados. En resumen, para abordar cuestiones científicas complejas, se requieren infraestructuras de investigación sofisticadas que operen a largo plazo y cubran grandes escalas espaciales, así como múltiples dimensiones de los ecosistemas y sistemas socioecológicos. La red combinada de sitios LTER, plataformas LTSER y Observatorios de Zonas Críticas ofrece un gran potencial como infraestructura distribuida. Las plataformas LTSER deben desarrollarse en áreas piloto que permitirán a los investigadores, gestores y responsables políticos tomar decisiones basadas en evidencia que se centren en encontrar el equilibrio entre los paisajes sostenibles y las demandas que las diferentes partes implicadas les imponen. informacion[at]ebd.csic.es: Musche et al (2019) Research questions to facilitate the future development of European longterm ecosystem research infrastructures: A horizon scanning exercise. J Environ Management DOI 10.1016/j.jenvman.2019.109479


https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0301479719311971