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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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El enanismo de las poblaciones del sapo corredor de Doñana

El enanismo de las poblaciones del sapo corredor de Doñana

Una amplia variación en el tamaño corporal es común en los vertebrados a lo largo de extensas distancias geográficas, o en poblaciones aisladas, donde las barreras geográficas efectivas pueden causar enanismo o gigantismo. Se estudiaron las posibles causas de la extrema reducción del tamaño de unas poblaciones continentales de anfibios dentro de una distancia geográfica corta, en ausencia de barreras geográficas. El sapo corredor Epidalea calamita del Parque Nacional de Doñana experimenta una diferencia en su masa corporal de hasta 2,1 veces en tan sólo 37 km. Estudiando seis poblaciones divergentes en tamaño corporal, se examinó el aislamiento genético de las poblaciones enanas mediante genotipos multilocales (16 microsatélites) y se exploró si las poblaciones diferían en el estado trófico (mediante análisis de isótopos estables), la tasa metabólica estándar y el patrón de crecimiento, la senescencia y la estructura de edad (realizando ensayos de longitud de telómeros y esqueletocronología). También se registró el canto en todas las poblaciones y se ensayó experimentalmente si la variación del tamaño corporal se podría ver reforzada por las preferencias de las hembras. Los resultados revelan que el enanismo local en estas poblaciones se produce en ausencia de aislamiento genético, manteniendo al mismo tiempo tamaños poblacionales efectivos relativamente altos. Sin embargo, las poblaciones con individuos pequeños están expuestas a condiciones climáticas más secas y cálidas, tienen un estado trófico diferente, muestran una tasa metabólica específica más baja y el canto de los machos tiene una frecuencia dominante más alta. El crecimiento juvenil difiere entre las poblaciones, llegando a la etapa adulta con diferentes tamaños corporales. En conjunto, estos resultados sugieren una influencia significativa de las condiciones ambientales en la fisiología y ecología de las poblaciones de Doñana de E. calamita, afectando principalmente a los individuos entre la metamorfosis y la madurez sexual. Es necesario realizar más estudios experimentales y genómicos centrados en estas primeras etapas de la vida para diseccionar los papeles relativos del medio ambiente y la diferenciación genética adaptativa en este fenómeno. informacion[at]ebd.csci.es: Hyeun-Ji et al (2020) Dwarfism in close continental amphibian populations despite lack of genetic isolation. OIKOS Doi 10.1111/oik.07086


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/oik.07086