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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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El rol de los ácaros en la limpieza de las plumas

El rol de los ácaros en la limpieza de las plumas

Los ácaros de las plumas actúan como los barrenderos de las aves, a las que "limpian" de hongos, bacterias y detritus. Esta es la principal conclusión de un estudio cuyos resultados indican que los hongos, seguidos de las bacterias, son el principal recurso alimenticio de los ácaros de las plumas (además de la secreción uropigial, para la limpieza e impermeabilización del plumaje). En cambio, no se ha encontrado evidencia de que los ácaros se alimenten de recursos del ave, tales como piel o sangre. El estudio de las interacciones hospedador-simbionte es vital para entender una gran multitud de procesos, como la emergencia de enfermedades infecciosas o el efecto del cambio climático sobre la biodiversidad. En este trabajo se ha estudiado la dieta de los ácaros de las plumas de las aves a escala global, primero realizando observaciones al microscopio del contenido de 1.300 ácaros individuales de unos 100 géneros; a continuación usando secuenciación masiva y DNA metabarcoding se ha determinado el contenido intestinal de 1.833 ácaros de 18 especies. Los ácaros de las plumas de las aves son unos simbiontes permanentes que viven en las plumas de vuelo de las aves. Históricamente, se les ha considerado como parásitos, aunque sin evidencia directa sobre la forma en la que perjudicaban a sus hospedadores. Este estudio apoya la teoría de que la relación entre los ácaros y las aves no es parasitaria, sino que se trata de una relación comensalista o simbionte, por lo que estos ácaros se alimentan de micropartículas presentes en la superficie de las plumas de las aves (hongos, bacterias y polen, principalmente). Las interacciones hospedador-simbionte raramente son asociaciones con participación exclusiva de un único hospedador con un único simbionte. Más bien al contrario. Por ejemplo, solo centrándonos en los simbiontes, estos interaccionan con un gran número de especies (por ejemplo, los endosimbiontes intracelulares). De esta manera, entender los organismos con los que interaccionan los simbiontes es muy importante, puesto que la naturaleza de las interacciones simbióticas (si la interacción es de naturaleza mutualista, parásita o comensalista), es algo dependiente de contexto (que a su vez está influenciado por la red de interacciones con otros organismos). Esto hace que comprender un sistema hospedador-simbionte sea sumamente complicado y requiera de integrar evidencias del mayor número posible de fuentes. informacion[at]ebd.csic.es Doña et al (2018) Feather mites play a role in cleaning host feathers: New insights from DNA metabarcoding and microscopy Mol Ecol https://doi.org/10.1111/mec.14581


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/mec.14581