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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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En el camino hacia la extinción: endogamia e hibridación en la población de lobos de Sierra Morena

En el camino hacia la extinción: endogamia e hibridación en la población de lobos de Sierra Morena

Un estudio genético ha mostrado que el aislamiento de la población de lobos de Sierra Morena les empujó a la endogamia y la hibridación. El estudio muestra que poblaciones de especies amenazadas pueden sobrevivir durante bastantes años con tamaños pequeños, pero van acumulando problemas genéticos graves que comprometen su supervivencia a largo plazo. Durante décadas, la población de lobos de Sierra Morena ha permanecido aislada de los del noroeste peninsular, con un tamaño de pocas familias (manadas) y mostrando una tendencia regresiva. Tanto es así, que no hay constancia de reproducción desde 2013 y, aunque quede algún individuo, parece que la población puede estar extinta desde el punto de vista funcional. Se han comparado los genomas de cuatro lobos ibéricos, incluyendo una muestra de uno de los últimos lobos de Sierra Morena, un ejemplar atropellado en 2003, y un lobo del programa de cría en cautividad, con otros genomas de lobos y perros de todo el mundo. Se ha encontrado que el lobo ibérico, en general, muestra una baja diversidad genética. El genoma del lobo de Sierra Morena ha revelado los problemas para sobrevivir de esta población aislada. Por un lado, el material genético muestra una clara evidencia de endogamia, estando sus miembros muy emparentados entre sí (elevado nivel de homocigosidad). Por otro lado, el pequeño tamaño poblacional también ha llevado a un aumento de la probabilidad de cruzarse con perros. El genoma del lobo de Sierra Morena mostraba que, muy probablemente, uno de sus abuelos había sido un perro y también mostraba evidencia de cruces anteriores con perros. La endogamia continuada parece haber resultado en la desaparición por completo de grandes fragmentos cromosómicos de origen lobo de la población, correspondiendo un tercio del genoma al perro. En su conjunto los resultados del estudio muestran la difícil supervivencia de una población pequeña. informacion[at]ebd.csic.es: Gómez-Sánchez et al (2018) On the path to extinction: inbreeding and admixture in a declining gray wolf population. Mol Ecol. DOI: 10.1111/mec.14824


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/mec.14824