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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Genética de población de lobos: revisión sistemática, meta-análisis y sugerencias para la conservación y gestión

Genética de población de lobos: revisión sistemática, meta-análisis y sugerencias para la conservación y gestión

El lobo gris (Canis lupus) es un carnívoro icónico cuyo valor intrínseco como superpredador y su papel de especie clave obtienen cada vez más reconocimientos. Sin embargo, durante mucho tiempo el lobo también ha sido una fuente de conflictos con el hombre, lo que ha motivado su persecución resultando en una disminución significativa en su número, diversidad genética y flujo de genes entre poblaciones. Para que la protección y gestión de las poblaciones de lobos sea más eficaz en Europa, es crucial contar con sólidas evidencias científicas. Esta revisión sirve como resumen analítico de las principales conclusiones de los estudios de genética de poblaciones de lobos en Europa, incluyendo los principales estudios de la 'era pre-genómica' y las primeras evidencias de la 'era de la genómica'. En este estudio se analizan y debaten los resultados derivados de los análisis de tres compartimentos del genoma de los mamíferos con diferentes modalidades de transmisión. Para describir las tendencias y los patrones de variación genética a gran escala en las poblaciones de lobos europeos, se realizó un meta-análisis basado en los resultados de estudios anteriores de microsatélites con la inclusión de nuevos datos, que abarcan los 19 países europeos para los que la información genética del lobo está disponible. Se han comparado diferentes índices de diversidad genética en las poblaciones de lobos y se ha encontrado una tendencia significativa espacial en la heterocigosidad en toda Europa, desde el sur-oeste (diversidad genética más baja) al noreste (más alta). La gama de autocorrelación espacial calculado sobre la base de tres características de la diversidad genética fue 650 a 850 km, lo que sugiere que la diversidad genética de una población de lobos dado puede ser influenciada por poblaciones alejadas de hasta 850 km. Resultados importantes de esta síntesis son la discusión de los problemas más acuciantes que amenazan las poblaciones de lobos en Europa, la identificación de importantes lagunas en los conocimientos actuales, la propuesta de soluciones para superar estas limitaciones, y las recomendaciones para la conservación y gestión del lobo basada en la ciencia a nivel regional y europeo. informacion[at]ebd.csic.es: Hindrikson et al (2016) Wolf population genetics in Europe: a systematic review, meta-analysis and suggestions for conservation and management. Biol Rev doi: 10.1111/brv.12298


http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/brv.12298/abstract;jsessionid=253D80DCC1F9422D8BA60477025D1F55.f03t04