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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Historia demográfica y evolutiva de un complejo de especies de encinas-matorral de California: una aproximación integrativa

Historia demográfica y evolutiva de un complejo de especies de encinas-matorral de California: una aproximación integrativa

Comprender los factores que promueven la formación de especies es uno de los objetivos fundamentales de la biología evolutiva. En este trabajo se ha estudiado la historia evolutiva de las seis especies que constituyen el complejo de encinas-matorral de California. Para inferir la importancia relativa del aislamiento geográfico y ecológico en el proceso de especiación, se han analizado en primer lugar los patrones intra- e inter-específicos de diferenciación genética y evaluado diferentes escenarios de divergencia utilizando métodos de análisis Bayesiano. En segundo lugar, se han asociado los procesos de divergencia con modelos de distribución de las distintas especies tanto en el presente como en el pasado para estudiar en qué medida el proceso de especiación viene mediado por una diferenciación de nicho ecológico o aislamiento geográfico. Los análisis muestran que el escenario de divergencia más probable implica una separación inicial de dos linajes principales seguido por un pulso de especiación más reciente. Los datos genéticos y ecológicos indican que diferentes factores (geografía y ambiente) y modos de especiación (parapatría, alopatría y quizá simpatría) han tenido un papel importante en el proceso de divergencia dentro del complejo. En su conjunto, este estudio muestra cómo diferentes mecanismos pueden estar detrás de los fenómenos de divergencia incluso entre taxones que representan estadios tempranos de especiación e ilustra la importancia de adoptar aproximaciones integradoras para alcanzar una mejor compresión de los distintos procesos evolutivos que contribuyen a generar biodiversidad. informacion[at]ebd.csic.es: Ortego et al (2015) Evolutionary and demographic history of the Californian scrub white oak species complex: an integrative approach. Mol Ecol 24, 6188-6208 doi: 10.1111/mec.13457


http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/mec.13457/full