Noticias Noticias

La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
Promedio (0 Votos)

Últimas noticias Últimas noticias

Atrás

Imágenes multiespectrales capturadas por drones para la evaluación de la integridad ecológica de humedales LTER

Imágenes multiespectrales capturadas por drones para la evaluación de la integridad ecológica de humedales LTER

Los sitios de investigación ecológica a largo plazo (LTER) necesitan una evaluación periódica del estado de sus ecosistemas y servicios ambientales para valorar las tendencias observadas y evitar cambios irreversibles. El marco conceptual de la Integridad Ecológica (IE) abre la puerta para evaluar cualquier ecosistema de una manera comparable, al medir indicadores sobre la estructura y los procesos de los diferentes ecosistemas. Este enfoque también permite medir la sostenibilidad de las acciones de gestión de la conservación en el caso de las áreas protegidas. La teledetección mediante imágenes de satélite, aéreas u obtenidas con drones se convierte en una herramienta sinóptica y muy valiosa para mapear rápidamente áreas aisladas e inaccesibles como son los humedales. Sin embargo, se han propuesto pocos indicadores prácticos de teledetección para relacionarlos con los indicadores de IE de los humedales. En este trabajo, se sugiere que se utilicen varios indicadores de teledetección para la evaluación de la IE en humedales y, concretamente, mediante el uso de vehículos aéreos no tripulados (UAV) o drones. Para ello se ha evaluado la aplicabilidad de las imágenes multiespectrales capturadas por drones en dos humedales catalogados como Plataformas de Investigación Socio-Ecológica a Largo Plazo (LTSER) para proporcionar un mapeo detallado de los niveles de inundación, la turbidez y profundidad del agua, así como la cobertura de las plantas acuáticas. Se ha seguido una aproximación empírica para encontrar relaciones lineales entre la reflectancia espectral de las imágenes capturadas por los drones y los indicadores de IE en la marisma de Doñana. La evaluación del método se llevó a cabo utilizando datos de verdad terreno recopilados a lo largo de transectos. Los modelos empíricos resultantes se aplicaron a la marisma de Doñana siendo posible también su aplicación para la Plataforma LTSER de la Isla de Braila en el Danubio (Rumania). Los mapas resultantes son una aportación muy valiosa para evaluar la diversidad del hábitat, la dinámica de los humedales y la productividad del ecosistema con la frecuencia que deseen los gestores o los científicos. Finalmente, también se ha examinado la posibilidad de escalar la información obtenida de los datos de verdad terreno recopilados in situ a imágenes de satélite Sentinel-2 mediante previa segmentación del mosaico multiespectral obtenido con el dron. Se ha encontrado una estrecha relación multiespectral entre las bandas de la cámara Parrot Sequoia embarcada en el dron y las bandas correspondientes del Sentinel-2, lo que permitió extender la información in-situ sobre inundación a la escala de las imágenes de satélite. informacion[at]ebd.csic.es: Díaz-Delgado et al (2019) Rapid assessment of ecological integrity for LTER wetland sites by using UAV multispectral mapping. Drones https://doi.org/10.3390/drones3010003


https://www.mdpi.com/2504-446X/3/1/3