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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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La caza se ceba con los mamíferos de los bosques tropicales intactos

La caza se ceba con los mamíferos de los bosques tropicales intactos

La principal amenaza de la biodiversidad mundial es la deforestación. Los cambios en el uso del suelo y la fragmentación de hábitats que genera están provocando una ‘defaunación', es decir una pérdida de especies, sin precedentes. Pero aún quedan algunos bosques tropicales prístinos en lugares remotos, donde la tala descontrolada no ha hecho acto de presencia. Solo un 20 % de las selvas permanecen intactas, o al menos no han sufrido talas selectivas o han sido deforestadas. Sin embargo, a pesar de la aparente falta de perturbaciones, la caza está afectando, en silencio, a los mamíferos. La cobertura forestal por sí sola no puede ser el único indicador sobre el grado de preservación de ecosistemas tropicales. Tras estimar el impacto de la caza, los autores revelan que las especies más amenazadas por la caza son las de tamaño medio (los primates) y, sobre todo, aquellas de gran tamaño. Los nuevos mapas generados muestran que en el caso de las especies de tamaño mediano (de más de un kilo) el declive producido por la actividad cinegética es del 27%. En el caso de las especies de gran tamaño (de más de 20kg), el porcentaje asciende a 40%. A diferencia de la deforestación, la actividad cinegética es indetectable por métodos de localización remota, además de costosa. Por eso, en vastas áreas de los trópicos, afectadas por conflictos locales o inaccesibles, se desconocía los efectos de la caza en los mamíferos. A diferencia de la deforestación, la actividad cinegética es indetectable por métodos de localización remota, además de costosa. Para identificar las áreas donde se espera que los impactos de la caza de mamíferos sean más altos, los científicos usaron la información disponible en más de 160 estudios locales que estudiaron cerca de 300 especies y se basaron en unas 3.200 estimaciones de datos sobre la abundancia de mamíferos en los últimos 40 años. Así pudieron proyectar por primera vez patrones espaciales de la ‘defaunación' de mamíferos inducida por la caza en los trópicos. El objetivo fue construir un modelo predictivo basado en los principales indicadores de presión de caza, y luego reproyectarlo en todo el trópico para poder mapear zonas que estén potencialmente bajo presión cinegética. Gracias a la información obtenida en su estudio, los autores pretenden contribuir a elaborar planes de conservación más efectivos en estos bosques, que deberían ser prioritarios, pero teniendo en cuenta las necesidades de las comunidades locales que dependen de la carne de caza para su subsistencia. La eliminación de ciertas especies, además, podría también provocar efectos cascada en el resto del ecosistema. informacion[at]ebd.csic.es: Benítez-Lopez et al (2019) Intact but empty forests? Patterns of hunting-induced mammal defaunation in the tropics. PLoS Biol https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000247


https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3000247