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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Las especies invasoras causan el declive de comunidades acuáticas a nivel global

Las especies invasoras causan el declive de comunidades acuáticas a nivel global

La introducción de especies invasoras en medios acuáticos desencadena importantes cambios que se propagan a través de la cadena alimentaria y causan una reducción de la abundancia y diversidad de especies. Esta extensa revisión recoge información acerca de diferentes tipos de organismos invasores (productores primarios, filtradores, omnívoros y predadores), comunidades acuáticas residentes (plantas, fitoplancton, zooplancton, invertebrados y peces) y hábitats (ríos, lagos y estuarios). El estudio identifica con claridad  el impacto negativo que las especies invasoras ejercen sobre la abundancia de comunidades nativas, en especial de plantas acuáticas, zooplancton y peces. Sin embargo, en general los resultados son menos claros cuando se analiza la diversidad de especies, lo que sugiere un desajuste temporal entre cambios inmediatos de abundancia y extinciones locales. Los impactos de las especies invasoras se deben tanto a interacciones directas con las poblaciones nativas (competencia, depredación), como a través de cambios en las condiciones del hábitat (turbidez, sustrato, luz). La introducción de peces depredadores causa el declive de poblaciones de zooplancton, lo que a su vez favorece aumentos explosivos de fitoplancton, que se ve libre de sus depredadores habituales. Los filtradores reducen la cantidad de algas y por tanto la disponibilidad de alimento para niveles superiores de la cadena alimentaria, como pequeños crustáceos y peces. Basándose en las relaciones entre especies invasoras y nativas identificadas en esta revisión, los autores proponen un marco conceptual de impactos en la cadena alimentaria que puede ser de gran ayuda tanto para el desarrollo de hipótesis por parte de investigadores, como para los gestores del medioambiente, de cara priorizar la gestión de especies cuyos impactos se propagan a lo largo de múltiples eslabones de la cadena trófica. informacion[at]ebd.csic.es: Gallardo et al (2015) Global ecological impacts of invasive species in aquatic ecosystems. Glob Chang Biol DOI: 10.1111/gcb.13004


http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/gcb.13004/abstract