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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Los chacales de Eurasia y de África son dos especies distintas

Los chacales de Eurasia y de África son dos especies distintas

El chacal del continente africano se considera la misma especie que el eurasiatico: Canis aureus. Sin embargo, dos estudios recientes sobre haplotipos mitocondriales sitúan el chacal africano más cerca del lobo (Canis lupus), lo que sorprende por la ausencia de lobos en África y por la divergencia fenotípica entre las dos especies. Además, estos resultados implicarían la existencia de una especie filogenéticamente distinta no reconocida anteriormente, a pesar de los numerosos trabajos taxonómicos sobre los cánidos africanos. Para probar la hipótesis de las distintas especies y comprender la historia evolutiva que llevó a este resultado desconcertante, se han analizado de forma extensiva los datos genómicos de lobos y chacales africanos y euroasiáticos. Los resultados demuestran de manera contundente que las poblaciones de chacales de África y Eurasia representan distintos linajes monofiléticos separados por más de un millón de años, suficientes para merecer el reconocimiento formal de especies diferentes: la africana C. anthus y la euroasiática C. aureus. Los datos morfológicos de los chacales de África Oriental y de las poblaciones euroasiáticas sugieren paralelismo por la similitud entre las dos poblaciones, lo que puede haber engañado a los taxónomos y que probablemente refleja una muy  intensa competencia interespecífica en el gremio de los carnívoros de África Oriental. Este estudio muestra cómo la ecología puede confundir la taxonomía si la competencia interespecífica limita la diversificación de tamaño. informacion[at]ebd.csic.es: Koepfli et al (2015) Genome-wide evidence reveals that African and Eurasian Golden jackals are distinct species. Curr Biol 25, 1-8 doi:10.1016/j.cub.2015.06.060


http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982215007873