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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Los efectos determinísticos y estocásticos sobre las interacciones canopy-recruit en comunidades forestales

Los efectos determinísticos y estocásticos sobre las interacciones canopy-recruit en comunidades forestales

Las interacciones entre individuos establecidos e individuos que se reclutan (interacciones canopy-recruit) son generalizadas en las comunidades de plantas. Los estudios sobre el reclutamiento en bosques se han centrado principalmente en las interacciones conespecíficas negativas y dependientes de la densidad, mientras que los resultados de las interacciones heteroespecíficas entre individuos establecidos y reclutas han recibido mucha menos atención y, en general, se supone que están impulsados ??por procesos estocásticos. Aquí, se explora la influencia relativa de los efectos estocásticos (abundancia) y determinísticos (identidad de las especies y distancia filogenética) en la frecuencia de las interacciones canopy-recruit, y se caracterizan las interacciones en términos de su consistencia espacial y su efecto en el reclutamiento (depresor, neutral o favorecedor). En 12 parcelas (50 × 50 m) de bosques mixtos en el sur de España, se identifican todos los árboles jóvenes que se reclutan bajo 56 especies de arbustos y árboles, y en áreas abiertas no cubiertas por plantas leñosas. Se utilizan modelos mixtos lineales generalizados para investigar la influencia de los procesos estocásticos y deterministas en la frecuencia de las interacciones canopy-recruit, en su consistencia espacial y sus efectos en el reclutamiento, y se aplican modelos nulos neutros para evaluar la consistencia espacial entre parcelas, en la ocurrencia de interacciones canopy-recruit. Las interacciones deterministas y estocásticas fueron igualmente comunes, lo que enfatiza la prevalencia de efectos no neutrales. Entre las interacciones realizadas, el 36.8% aumentó el reclutamiento, el 49.05% fue neutral y el 14.1% redujo el reclutamiento. Además, la probabilidad de que dos especies formaran una interacción canopy-recruit, la frecuencia de su interacción y la probabilidad de que la interacción tuviera un efecto favorecedor del reclutamiento, aumentaron con la distancia filogenética entre las especies interactuantes. Sin embargo, la prevalencia de estos efectos dependió del ambiente de reclutamiento (heterospecífico, conspecífico o abierto). Las interacciones que mejoran el reclutamiento entre heteroespecíficos se realizaron de manera más consistente en diferentes sitios que las interacciones neutrales o depresoras. El establecimiento de interacciones canopy-recruit (qué especie se recluta debajo de las demás y con qué frecuencia) no está determinado simplemente por los eventos estocásticos. De hecho, debido a su prevalencia, se argumenta que los factores deterministas de las interacciones canopy-recruit son importantes impulsores de la dinámica de la comunidad vegetal. informacion[at]ebd.csic.es: Alcántara et al 2018. Stochastic and deterministic effects on interactions between canopy and recruiting species in forest communities. Functional Ecology 32: 2264–2274. https://doi.org/10.1111/1365-2435.13140


https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1365-2435.13140