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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Nueva publicación: Cambios de nicho en especies invasoras

Cambios de nicho en especies invasoras

Para entender los factores que controlan la distribución de las especies y anticipar posibles expansiones de las especies invasoras es necesario analizar como los nichos de las especies varían entre el rango nativo y el de introducción. La mayoría de los estudios realizados hasta la fecha, han considerado sólo el nicho climático, basándose en la correlación entre los comúnmente utilizados datos de presencia de las especies y el clima regional. En este estudio, se usan datos de presencia y abundancia de Oxalis pes-caprae, una especie nativa de Sudáfrica e invasora en muchas regiones del globo, para entender como los cambios de nicho pueden estar influenciados por el grado de perturbación a la vez que por el clima. Se usan datos de presencia de la especie a nivel global y de muestreo intensivo de la abundancia de Oxalis (~11,000 parcelas) a lo largo de diferentes hábitats en Sudáfrica y en su rango de introducción en la cuenca Mediterránea. Se encuentra una considerable expansión del nicho climático hacia condiciones de mayor estacionalidad y menor temperatura en el rango de introducción. Sin embargo, esta expansión se redujo enormemente al considerar las condiciones comunes a ambas áreas. Oxalis ocupa paisajes relativamente naturales en el área nativo que permanecen no ocupados en el área de introducción ("ocupación parcial del nicho"). Al contrario que en el área nativo, donde se encuentran abundancias similares de la especie entre el área nativo y de introducción, Oxalis es más abundante en hábitats perturbados en el área de introducción. La enorme expansión del nicho climático que se ha observado, refleja más bien la propia plasticidad de la especie que una posible rápida evolución. Por otro lado, la ocupación parcial del nicho de perturbación en el área de introducción, sugiere un alto potencial de la especie para invadir nuevas áreas naturales. En conjunto, estos resultados sugieren que la caracterización del nicho de las especies invasoras basándonos sólo en el clima o en información parcial de su distribución, puede conducir a una infravaloración del potencial de estas especies para expandirse en el futuro. informacion[at]ebd.csic.es González-Moreno et al(2014) Beyond climate: disturbance niche shifts in invasive species. Glob Ecol Biogeog DOI: 10.1111/geb.12271


http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/geb.12271/abstract