Noticias Noticias

Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum

Human malaria is a devastating disease and a major cause of poverty in resource-limited countries. To develop and adapt within hosts Plasmodium falciparum undergoes drastic switches in gene expression. To identify regulatory regions in the parasite genome, a genome-wide profiling of chromatin accessibility was performed in two culture-adapted isogenic subclones at four developmental stages during the intraerythrocytic cycle by using the Assay for Transposase-Accessible Chromatin by sequencing (ATAC-seq). Tn5 transposase hypersensitivity sites (THSSs) localize preferentially at transcriptional start sites (TSSs). Chromatin accessibility by ATAC-seq is predictive of active transcription and of the levels of histone marks H3K9ac and H3K4me3. This assay allows the identification of novel regulatory regions including TSS and enhancer-like elements. The dynamics in the accessible chromatin profile matches temporal transcription during development. Motif analysis of stage-specific ATAC-seq sites predicts the in vivo binding sites and function of multiple ApiAP2 transcription factors. At last, the alternative expression states of some clonally variant genes (CVGs), including eba, phist, var and clag genes, associate with a differential ATAC-seq signal at their promoters. Altogether, this study identifies genome-wide regulatory regions likely to play an essential function in the developmental transitions and in CVG expression in P. falciparum. informacion[at]ebd.csic.es: Ruiz et al (2018) Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Nucleic Acids Res https://doi.org/10.1093/nar/gky643


https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gky643/5054866?guestAccessKey=c45cf7d4-f086-449f-a39e-246f7a8122fe
Promedio (0 Votos)

Últimas noticias Últimas noticias

Los beneficios de recuperar poblaciones de grandes carnívoros

El papel que juegan los depredadores superiores en el funcionamiento del ecosistema, la regulación de enfermedades y el mantenimiento de la biodiversidad se debate cada vez más. Sin embargo, los...

Unificando las de redes de facilitación y reclutamiento

Aunque los estudios sobre redes ecológicas han proporcionado importantes avances en el conocimiento sobre la estabilidad y la dinámica de los ecosistemas, es preocupante el hecho de que este no...

Riesgo de transmisión de patógenos por gaviotas que visitan zonas humanizadas

La vida silvestre que utiliza los hábitats creados por el hombre hospeda y propaga patógenos bacterianos. Esto perfila la epidemiología de las enfermedades infecciosas y facilita la propagación de...

La sociedad ve peor la presencia de la cotorra de Kramer cuanto más común se vuelve

Cómo percibe la gente la presencia en su entorno urbano de especies invasoras, es un factor clave en la planificación de la gestión medioambiental. Este trabajo toma como modelo la cotorra de...

La coloración de plumaje juvenil generado por feomelanina ha evolucionado más frecuentemente en especies carnívoras

La distintiva coloración del plumaje generada por feomelanina en aves juveniles ha sido propuesta como una señal de inmadurez para evitar la agresión de individuos conespecíficos de más edad, pero...