Noticias Noticias

Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum

Human malaria is a devastating disease and a major cause of poverty in resource-limited countries. To develop and adapt within hosts Plasmodium falciparum undergoes drastic switches in gene expression. To identify regulatory regions in the parasite genome, a genome-wide profiling of chromatin accessibility was performed in two culture-adapted isogenic subclones at four developmental stages during the intraerythrocytic cycle by using the Assay for Transposase-Accessible Chromatin by sequencing (ATAC-seq). Tn5 transposase hypersensitivity sites (THSSs) localize preferentially at transcriptional start sites (TSSs). Chromatin accessibility by ATAC-seq is predictive of active transcription and of the levels of histone marks H3K9ac and H3K4me3. This assay allows the identification of novel regulatory regions including TSS and enhancer-like elements. The dynamics in the accessible chromatin profile matches temporal transcription during development. Motif analysis of stage-specific ATAC-seq sites predicts the in vivo binding sites and function of multiple ApiAP2 transcription factors. At last, the alternative expression states of some clonally variant genes (CVGs), including eba, phist, var and clag genes, associate with a differential ATAC-seq signal at their promoters. Altogether, this study identifies genome-wide regulatory regions likely to play an essential function in the developmental transitions and in CVG expression in P. falciparum. informacion[at]ebd.csic.es: Ruiz et al (2018) Characterization of the accessible genome in the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Nucleic Acids Res https://doi.org/10.1093/nar/gky643


https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gky643/5054866?guestAccessKey=c45cf7d4-f086-449f-a39e-246f7a8122fe
Promedio (0 Votos)

Últimas noticias Últimas noticias

Una nueva subespecie de pardela pichoneta para las islas Canaria

La taxonomía de petreles y pardelas aún no está resuelta. La pardela pichoneta Puffinus puffinus es una de las aves marinas mejor estudiadas del mundo. La mayor parte de la información conocida...

Para producir mejor la agricultura necesita recuperar al menos el 20% del hábitat nativo

Una buena parte de los paisajes agrícolas de todo el mundo ha sido cultivada casi en su totalidad, generando presiones ambientales que han resultado en problemas como inundaciones, aparición de...

Cronología de la urbanización de las aves silvestres: el caso del cernícalo primilla

El cernícalo primilla (Falco naumanni) evolucionó como una especie separada en la radiación del cernícalo del Viejo Mundo a partir del Mioceno tardío. Dado que las primeras ciudades fueron erigidas...

Las rayas corporales en especies de presa se asocian a la vida gregaria

Tradicionalmente ha habido un debate considerable en torno a cómo los grupos de animales, como las bandadas de aves, las manadas de mamíferos o los bancos de peces, realizan movimientos colectivos...