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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Alimentación y posición trófica de tres depredadores marinos en el Mediterráneo

Alimentación y posición trófica de tres depredadores marinos en el Mediterráneo

Comprender cómo los depredadores marinos interactúan es todo un reto científico. En los ecosistemas marinos, la segregación de nichos tróficos se ha descrito como el mecanismo que mejor permite la coexistencia de depredadores. Sin embargo, poco se sabe acerca de la ecología trófica de la mayoría de especies de condrictios, que desempeñan un papel fundamental en la estructura de las redes alimentarias marinas en todo el mundo. En este estudio, se ha examinado la ecología trófica y las diferencias interespecíficas en los hábitos alimentarios de 3 especies de condrictios relativamente abundantes en el mar Mediterráneo: Galeus melastomus, Etmopterus spinax y Chimera monstrosa. Los resultados del estudio, que ha combinado el análisis del contenido estomacal con isótopos estables, destacan una segregación trófica entre C. monstrosa y las otras dos especies. G. melastomus mostró una dieta compuesta principalmente de cefalópodos, mientras que E. spinax se alimenta principalmente de camarones y C. monstrosa de cangrejos. Las diferencias interespecíficas de nicho trófico podrían explicarse por las diferentes estrategias de alimentación y por el tamaño corporal. Cada especie mostró diferente nicho isotópico y nivel trófico. En concreto, el nivel trófico de C. monstrosa resultó superior al de E. spinax y G. melastomus. Los altos niveles tróficos de las 3 especies confirman su importante papel como depredadores en la red alimentaria marina. Los resultados demuestran la utilidad de usar enfoques complementarios capaces de proporcionar información sobre la conducta alimentaria a corto (estomacal) y largo plazo (isótopos estables), lo que podría permitir un monitoreo más eficiente de los cambios de la red alimentaria marina en el área de estudio. informacion[at]ebd.csic.es  Albo-Puigserver et al (21015) Feeding ecology and trophic position of three sympatric demersal chondrichthyans in the northwestern Mediterranean Mar Ecol Prog Ser 524: 255–268 doi: 10.3354/meps11188