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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Atropellos de vertebrados en Andalucía

Atropellos de vertebrados en Andalucía

A pesar de que los estudios a gran escala sobre mortalidad de animales en las carreteras son complejos, pueden aportar información valiosa para evaluar la incidencia del tráfico en las poblaciones de animales. Durante 22 meses se muestrean 45 tramos de carretera de 10 km de longitud distribuidos en una zona con una gran diversidad, la región de Andalucía, en el sur de España. La región se dividió en cinco ecorregiones con diferentes condiciones ambientales y características del paisaje, y se analizaron la magnitud, la composición y los patrones espaciotemporales de la mortalidad de vertebrados (aves, mamíferos, anfibios y reptiles). Usamos datos de atropellos obtenidos durante muestreos mensuales en tramos de carretera con diferente límite de velocidad, volumen de tráfico, diseño de la carretera y composición del paisaje adyacente. Los animales atropellados variaron en el tiempo y no se distribuyeron aleatoriamente entre ecorregiones ni entre tipos de carretera. En total, los grupos que se encontraron con mayor frecuencia fueron los mamíferos (el 54,4 % de los atropellos registrados) y las aves (el 36,2 %). La tasa de mortalidad observada en estos dos grupos fue mayor en autopistas que en carreteras nacionales o locales, mientras que la mortalidad de anfibios (el 4,6 %) y de reptiles (el 4,3 %) no presentó diferencias entre tipos de carretera. A excepción de los mamíferos, la variación observada de la mortalidad en las carreteras entre las diferentes ecorregiones refleja los patrones de riqueza de especies descritos en las publicaciones científicas. Los atropellos se concentraron en períodos de tiempo relativamente cortos y este patrón se repitió en las dos temporadas de estudio y con respecto a todas las clases de vertebrados. Nuestros resultados proporcionan información de referencia sobre los tipos de carretera, los períodos de tiempo y los taxones con una mayor probabilidad de morir por atropello en una extensa región, lo que supone un paso esencial para la implementación de medidas de mitigación a gran escala. informacion[at]ebd.csic.es: Canal et al (2018) Magnitude, composition and spatiotemporal patterns of vertebrate roadkill at regional scales: a study in southern Spain. Anim Biodiv Conserv 41.2: 281–300


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-41-2-2018-abc/magnitude-composition-and-spatiotemporal-patterns-of-vertebrate-roadkill-at-regional-scales-a-study-in-southern-spain/?lang=es