Noticias Noticias

La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
Promedio (0 Votos)

Últimas noticias Últimas noticias

Atrás

El análisis de ADN revela una relación dinámica de coevolución entre las aves y los ácaros de sus plumas

El análisis de ADN revela una relación dinámica de coevolución entre las aves y los ácaros de sus plumas

Los ácaros de las plumas son simbiontes permanentes y altamente específicos de un hospedador, donde cada especie vive en una o pocas especies de aves, por lo que se suponía que mantenían una relación altamente estable con sus hospedadores a escalas ecológicas y evolutivas. Sin embargo, estudios recientes a escala evolutiva han encontrado que el proceso de especiación por salto de hospedador (especiación al llegar a una nueva especie de hospedador), y no el de coespeciación (especiación del simbionte después de la especiación de su hospedador), es el principal proceso detrás de la diversificación de estos simbiontes. En este trabajo se ha realizado un estudio genético masivo de las asociaciones entre los ácaros de las plumas y las aves (unos 25.500 ácaros analizados en 1.100 aves) con objeto de detectar individuos de ácaro en especies de hospedador inesperadas. Los resultados muestran que, sorprendentemente, un 7,4 % de los hospedadores y un 4.8 % de los ácaros formaban parte de asociaciones inesperadas. Además, se han encontrado patrones no azarosos detrás de las asociaciones inesperadas que evidencian la relevancia de factores ecológicos en la regulación de estas dinámicas: una frecuencia mayor dentro de los módulos de la red ecológica ácaro-ave y tamaños similares entre especies de hospedador que compartían una especie de ácaro inesperado. Este estudio revela que el salto –o colonización- de simbiontes (en este caso, ácaros de las plumas) hacia otras especies de hospedadores es un fenómeno prevalente incluso en simbiontes muy específicos de especies concretas, lo que indica que los sistemas hospedador-simbionte coevolucionan y se codiversifican de forma dinámica. informacion[at]ebd.csic.es: Doña et al (2018) Unexpected bird-feather mite associations revealed by DNA metabarcoding uncovers a dynamic ecoevolutionary scenario. Mol Ecol DOI: 10.1111/mec.14968


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/mec.14968