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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Mi casa está donde me crié

Mi casa está donde me crié

En este estudio se ha realizado un experimento de adopción cruzada entre un robledal y un pinar adyacentes para investigar el papel de la experiencia y el acervo genético en la selección de hábitat por papamoscas cerrojillos (Ficedula hypoleuca). La mayoría de las aves intercambiadas retornaron para nidificar al área donde fueron criadas, indicando que las decisiones sobre dónde asentarse están determinadas por la experiencia individual en el lugar de nacimiento. Sin embargo, casi un tercio abandonó su hábitat natal y, como sucede en individuos no manipulados, la naturaleza de estos movimientos fue dependiente del tamaño corporal. Los papamoscas que crían en el robledal y en el pinar se diferencian por el tamaño del cuerpo (los últimos siendo más pequeños) y, tal como revela un análisis de variación genética en microsatélites, existe también una diferenciación genética sutil. Se concluye que la dispersión dependiente del fenotipo puede contribuir a estructurar las poblaciones a escalas extraordinariamente pequeñas. No obstante, en la población de estudio, la fuerte tendencia a retornar al hábitat natal independiente del fenotipo individual podría conducir a decisiones maladaptativas y limitar el potencial de este tipo de dispersión en la adaptación microgeográfica. informacion[at]ebd.csic.es: Camacho et al (2016) Natal habitat imprinting counteracts the diversifying effects of phenotype-dependent dispersal in a spatially structured population. BMC Evolutionary Biology 16:158. DOI: 10.1186/s12862-016-0724-y


http://link.springer.com/article/10.1186/s12862-016-0724-y