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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Nueva publicación: Tecnología de bajo coste para estudiar la transmisión de enfermedades

Tecnología de bajo coste para estudiar la transmisión de enfermedades

Los sistemas ecológicos y epidemiológicos complejos requieren una investigación multidisciplinaria e innovadora. Los vehículos aéreos no tripulados (UAS en sus siglas en inglés) pueden proporcionar, a bajo coste, información sobre el patrón espacial de la distribución y abundancia de los hospedadores. Esta información permite modelar factores determinantes en la transmisión de la enfermedad y su persistencia a una escala espacial fina. En este contexto, la epidemiología espacial de la tuberculosis en la comunidad de ungulados del Parque Nacional de Doñana ha sido estudiada con modelos de abundancia de los hospedadores (ciervos, gamos y ganado) a escala espacial fina. El uso de imágenes de alta resolución obtenidas con los UAS ha permitido la recopilación de datos para modelar los determinantes ambientales de abundancia de los hospedadores, y sucesivamente evaluar sus relaciones con el riesgo de difusión de la tuberculosis en toda la comunidad de ungulados. El estudio analiza las condiciones ecológicas, epidemiológicas y logísticas en las que los UAS pueden contribuir a estudiar la interfaz sanitaria fauna silvestre/ganado, donde la agregación espacial de los hospedadores resulta crucial. Estos hallazgos son relevantes para la planificación y ejecución de la investigación, fundamentalmente para la gestión de enfermedades en sistemas multi-hospedador y en zonas de riesgo. Los gestores deben dar prioridad a la implementación de estrategias de control para reducir las enfermedades que tengan relevancia económica, social y para la conservación. informacion[at]ebd.csic.es Barasona et al (2014) Unmanned Aircraft Systems for Studying Spatial Abundance of Ungulates: Relevance to Spatial Epidemiology. PLoS ONE DOI:10.1371/journal.pone.0115608


http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0115608