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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Ratas invasoras en una isla coralina

Ratas invasoras en una isla coralina

Las ratas invasoras se encuentran en la mayoría de islas del mundo, y por lo general más de una especie se ha comportado como invasora. En las islas tropicales, poblaciones de diferentes especies de ratas invasoras pueden coexistir hasta en islas muy pequeñas, pero la dinámica poblacional de estas especies, su impacto, y los mecanismos de convivencia no son bien conocidos. Esta falta de conocimiento es una barrera para mejorar la tasa de éxito de la erradicación de ratas en islas tropicales. A través de una exhaustiva campaña de erradicación, se estudió la estructura de la población de Rattus exulans implantada históricamente en una pequeña isla tropical, en la que R. rattus se ha expandido masivamente en los últimos 50 años. Esta población de R. exulans se ha comparado con una población de una isla cercana donde existe solo esta especie. R. rattus domina numérica y morfológicamente a R. exulans; sin embargo los isótopos estables muestran que la posición trófica de R. exulans se mantiene constante independientemente de la presencia de R. rattus, una vez incorporadas las diferencias en los recursos tróficos de las islas. Aunque la posición trófica de las dos especies de ratas es indistinguible, R. rattus es capaz de dominar R. exulans a través de competencia por interferencia. El intento de erradicación fue interrumpido por un ciclón tropical y terminó sin éxito, pero hay cierta evidencia de que R. rattus reduce la disponibilidad de dispositivos de control para R. exulans, lo que tiene importantes implicaciones en la planificación de las campañas de control de múltiples especies. informacion[at]ebd.csic.es Russell et al (2015) Invasive rat interactions and over-invasion on a coral atoll Biol Cons (185) 59–65 doi:10.1016/j.biocon.2014.10.001