El Laboratorio de Ecología Acuática (LEA) y Microscopía se creó en el año 2003, permitiendo el desarrollo de proyectos de investigación de ecología acuática y limnología en la Estación Biológica de Doñana (EBD). Las principales líneas de investigación que son desarrolladas en el LEA incluyen el apoyo al grupo de seguimiento de la RBD en Doñana y el estudio de macroinvertebrados, zooplancton, plantas acuáticas, anfibios, galápagos, aves acuáticas y limnología.