Desde enero de 2009 la Sede Central de la Estación Biológica de Doñana está ubicada en la Isla de la Cartuja, un parque tecnológico construido para la Exposición Universal de 1992 de Sevilla. El edificio principal alberga la Administración central, Departamentos, Laboratorios, Biblioteca, la Colección Científica de Vertebrados, distintas instalaciones de apoyo, etc. Se trata de un edificio de nueva construcción diseñado para cubrir las necesidades específicas de los investigadores, mejorando sustancialmente todas las áreas de trabajo del Instituto. En la antigua sede de la EBD, el Pabellón del Perú (Expo Iberoamericana de 1929), se mantiene una unidad dedicada a la Cultura Científica y Divulgación, cuyo personal depende tanto de la EBD como de la Delegación del CSIC en Andalucía.

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