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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Determinación mediante LC-MS de catecolaminas y metabolitos relacionados en orina y pelo de ciervo rojo

Determinación mediante LC-MS de catecolaminas y metabolitos relacionados en orina y pelo de ciervo rojo

Una novedosa metodología analítica para la determinación y extracción de de catecolamines (dopamina, epinefrina y norepinefrina) y sus metabolitos DL-3,4-dihidroxifenilglicol y ácido DL-3,4-dihidroximandélico mediante LC-MS es desarrollada aquí y validada para la aplicación a muestras de orina y pelo humanas y animales. El método se basa en la extracción preliminar de analitos mediante un compuesto de poliestireno-co-divinilbenceno con nanotubos de carbono de pared múltiple magnéticos. Esto es seguido de una separación cromatográfica de < 9 min de los compuestos de interés en una columna C18 Onyx Monolithic utilizando una mezcla de 0,01 % (v/v) ácido heptafluorobutírico en agua y metanol a una tasa de flujo de 500 µL min-1. Los límites de detección estuvieron dentro del rango de 0,055 a 0,093 µg mL-1, y los valores de precisión de la respuesta y tiempos de retención de los analitos fueron > 90 %. Los valores de exactitud estuvieron en el rango 79,5-109,5 % cuando los analitos fueron extraídos de las muestras de orina de ciervo utilizando el sorbente MMWCNT-poly(STY-DVB). Esta metodología fue aplicada a muestras de orina y pelo de ciervo rojo, estando las concentraciones resultantes en el rango de 0,05 a 0,5 µg mL-1 para la norepinefrina y de 1,0 a 44,5 µg mL-1 para su metabolito 3,4-dihidroxifenilglicol. Los análisis de pelo de ciervo rojo resultaron en elevadas cantidades de 3,4-dihidroxifenilglicol. informacion[at]ebd.csic.es: Murtada et al (2019) LC-MS determination of catecholamines and related metabolites in red deer urine and hair extracted using magnetic multi-walled carbon nanotube poly(styrene-co-divinylbenzene) composite. J Chromatogr B https://doi.org/10.1016/j.jchromb.2019.121878


https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S157002321931150X