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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Efectos a largo plazo de la captura repetida

Efectos a largo plazo de la captura repetida

El monitoreo a largo plazo de animales individualmente marcados es generalmente necesario para una estimación fiable de numerosos parámetros de historia de vida. Sin embargo, la captura, el marcado y la manipulación pueden alterar drásticamente el comportamiento de los animales después de la captura, y por lo tanto afectar el éxito de posteriores recapturas. Aquí, se utilizó una población  de papamoscas cerrojillo para ilustrar el sesgo de muestreo resultante de la captura repetida de individuos. Se evaluó la respuesta interanual de los adultos reproductores al estrés relacionado con la captura, midiendo las latencias para ingresar a los nidos equipados con trampa. Además, se examinaron los cambios en la media y la varianza de la edad de las aves en relación con el esfuerzo de captura utilizando submuestras del conjunto de datos. Los pájaros sin experiencia previa de captura entraron más rápidamente que los experimentados, después de controlar otros factores que afectan la latencia, tales como el sexo, la calidad de la descendencia y el orden de captura con respecto al otro miembro de la pareja. La reticencia de los pájaros a entrar en el nido aumentó con el número de capturas acumuladas en años anteriores, lo que supuso  que los papamoscas cerrojillos se hicieron cada vez más difíciles de capturar a lo largo del estudio. Estos resultados indican que el estrés ocasionado por la repetida exposición a la captura a lo largo de la vida de un individuo puede inducir a cambios de comportamiento a largo plazo que pueden influir en la capturabilidad del segmento más viejo de una población. Se proporciona evidencia de que esto puede conducir a sesgos en el muestreo hacia los más jóvenes, especialmente cuando el esfuerzo de captura es limitado. El estudio concluye que el sesgo sistemático debido a la experiencia de captura tiene importantes implicaciones para la estimación de la variación en una serie de rasgos y por lo tanto, debe ser cuidadosamente controlado en estudios longitudinales. informacion[at]ebd.csic.es: Camacho et al (2017) Lifelong effects of trapping experience lead to age-biased sampling: lessons from a wild bird population.


http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003347217301938