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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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El impacto humano ha contribuido al declive del lince boreal en Europa

El impacto humano ha contribuido al declive del lince boreal en Europa

Entender la contribución de los procesos evolutivos a largo plazo y los recientes impactos antropogénicos en las actuales pautas genéticas de las especies silvestres es fundamental para evaluar los riesgos genéticos y diseñar estrategias de conservación. El lince boreal, a pesar de tener una población grande y muy distribuida en diferentes regiones geográficas del Planeta, paradójicamente muestra una variabilidad genética muy baja, similar a la de algunas especies en peligro, como el oso pardo de los Apeninos, y sólo un poco más alta que la del lince ibérico. La especie ha sufrido un declive poblacional continuado desde hace miles de años, mucho más acentuado después de la última glaciación, especialmente en Europa. Las poblaciones de lince boreal se mantuvieron genéticamente homogéneas y relativamente abundantes hasta hace 100.000 años, pero empezaron a reducir sus efectivos y a contraer su área de distribución en esa fecha, probablemente como consecuencia del enfriamiento del clima. En este momento, las poblaciones de la parte asiática del continente empezaron a divergir de las europeas hasta que llegaron a aislarse completamente hace 10.000 años. Para el estudio, se secuenciaron 80 genomas completos de muestras de lince boreal de 12 poblaciones con condiciones climáticas y ambientales completamente diferentes, desde bosques templados en Polonia al desierto de Gobi, pasando por bosques de taiga del norte de Siberia hasta la costa oriental rusa. Además del enfriamiento característico de ese período glaciar, también la expansión de los seres humanos podría haber tenido un impacto sobre los linces, tanto de forma indirecta, mediante la caza de las especies silvestres que servían de alimento al lince boreal, por ejemplo los ungulados, como de forma directa sobre las propias poblaciones del lince boreal. En otras palabras, la presencia humana podría haber contribuido al declive y la fragmentación, sobre todo de las poblaciones europeas de este felino. Mientras que la presión humana en Asia fue mucho más baja, en Europa la expansión humana se vio intensificada con el desarrollo de la agricultura, a lo que se habría sumado las políticas de exterminio iniciadas en el siglo XX. El resultado ha sido la desaparición de la especie de casi toda Europa Occidental y el empobrecimiento y diferenciación genética de las poblaciones que quedan. La actividad humana tiene gran impacto en la supervivencia de especies salvajes, pero esta influencia podría haber comenzado ya hace varios milenios, dejando una huella legible en el genoma de los supervivientes. El estudio sugiere que la mejor estrategia para recuperar las poblaciones de lince boreal en Europa, donde la especie está especialmente impactada por influencia antrópica, es asegurar la conectividad entre las poblaciones, con el objetivo de revertir su aislamiento genético y empezar a restaurar el genoma del lince boreal. informacion[at]ebd.csic.es: Lucena-Perez et al (2020). Genomic patterns in the widespread Eurasian lynx shaped by Late Quaternary climatic fluctuations and anthropogenic impacts. MOL ECOL 29(4) DOI 10.1111/mec.15366


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/mec.15366