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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Evaluación genética del programa de conservación ex situ del lince ibérico

Evaluación genética del programa de conservación ex situ del lince ibérico

Los programas ex situ se han vuelto críticos para mejorar la conservación de muchas especies amenazadas, ya que establecen poblaciones de respaldo y proporcionan individuos para la reintroducción y el refuerzo de poblaciones silvestres. El lince ibérico fue considerada la especie felina más amenazada del mundo después de un dramático declive durante la segunda mitad del siglo XX, que redujo su número a solo 100 individuos. En 2003 se estableció un programa de conservación ex situ con individuos de las dos poblaciones remanentes bien diferenciadas, con gran éxito desde el punto de vista demográfico. Este estudio evalúa el estado genético de la población cautiva del lince ibérico a partir de datos moleculares de 36 microsatélites, incluidos los patrones de relación y representatividad de los dos antecedentes genéticos remanentes en las poblaciones fundadoras, la evolución de la diversidad y la endogamia a lo largo de los años y la diferenciación genética entre los diferentes centros de cría. En términos generales, la población ex situ alberga la mayor parte de la variabilidad genética encontrada en las dos poblaciones silvestres y ha podido mantener niveles razonablemente bajos de endogamia y alta diversidad, validando así las medidas de manejo aplicadas y posiblemente representando un modelo para otras especies en necesidad de conservación. El programa de reproducción ex situ del lince ibérico ha sido una pieza clave en la conservación multifacética del lince ibérico. Después de 12 años, ha logrado los dos objetivos principales que se plantearon en su inicio. En primer lugar, ha logrado establecer una población ex situ demográfica y genéticamente saludable que puede actuar como salvaguarda de la especie en caso de extinción en la naturaleza. En segundo lugar, después de unos años de crecimiento interno, la población ha servido como fuente casi exclusiva de individuos para la reintroducción en la naturaleza. Además, el programa ha reunido un conjunto de expertos en muchos campos diferentes, así como ha fomentado y coordinado la investigación sobre temas de gran relevancia para la conservación de la especie, al tiempo que se ha convertido en un importante motor de sensibilización y difusión. El programa ex situ del lince ibérico ha sido bastante eficaz para representar, aumentar y mantener la baja diversidad genética que sobrevivió al último cuello de botella severo de la especie, al tiempo que minimizó la acumulación de endogamia, lo que en última instancia debería resultar en un mayor potencial de adaptación y condición física. En este sentido, el programa ex situ del lince ibérico podría servir como un ejemplo de manejo basado en el pedigrí, asistido por marcadores moleculares, para otras especies en etapas de conservación similares. informacion[at]ebd.csic.es: Kleinman-Ruiz et al (2019) Genetic evaluation of the Iberian lynx ex situ conservation programme. Heredity Doi 10.1038/s41437-019-0217-z


https://www.nature.com/articles/s41437-019-0217-z