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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Homogeneización evolutiva de las comunidades de aves en entornos urbanos

Homogeneización evolutiva de las comunidades de aves en entornos urbanos

El proceso de urbanización puede llevar a que especies especialistas sean reemplazadas por especies generalistas en espacio y tiempo, aumentando la similitud entre las comunidades de aves. Este fenómeno se denomina homogeneización biótica y está directamente relacionado con la diversidad taxonómica y funcional. Sin embargo, los efectos de la urbanización sobre la diversidad filogenética siguen siendo poco claros. Este estudio aborda los efectos del proceso de urbanización en la distinción evolutiva (una medida cuantitativa de la unicidad genética o evolutiva de las especies) de comunidades de aves. Se utilizaron modelos mixtos para comparar los efectos de la urbanización sobre el carácter distintivo evolutivo de las comunidades de aves en entornos rurales y urbanos en seis ciudades europeas de diferentes ecorregiones. El estudio presenta una clara evidencia a gran escala del impacto negativo de los entornos urbanos sobre la singularidad evolutiva de las aves. En comparación con las comunidades de aves en entornos rurales, las comunidades de aves en entornos urbanos tienen una menor especificidad evolutiva media en todos los países, independientemente de la ecorregión, y estos valores no están relacionados con la diversidad taxonómica presente en cada país. Los hallazgos proporcionan información importante acerca del espectro de efectos sobre la biodiversidad provocados por los cambios en el uso del suelo relacionados con el proceso de urbanización. Por lo tanto, los ambientes urbanizados son un factor de preocupación para el mantenimiento de la diversidad del árbol de vida de las aves, lo que sugiere que la planificación urbana podría ayudar a amortiguar la pérdida extrema de la diversidad filogenética causada por este proceso. informacion[at]ebd.csic.es: Morelli et al (2016) Evidence of evolutionary homogenization of bird communities in urban environments across Europe. Global Ecol Biogeogr 25: 1284–1293 doi:10.1111/geb.12486


http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/geb.12486/abstract