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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Identificando las áreas más amenazadas del mar Mediterráneo

Identificando las áreas más amenazadas del mar Mediterráneo

El estudio se enmarca en el concepto de Espacios Operativos Seguros (SOS, del término inglés safe operating space), que determina un espacio multidimensional dentro del cual se encontraría un ecosistema y que está delimitado por diferentes tipos de impactos como serían la contaminación, la pesca o la temperatura del agua. Para que este ecosistema se encuentre en condiciones adecuadas, las magnitudes de los impactos no deberían sobrepasar unos determinados umbrales, de manera que, si la magnitud de un impacto aumenta, los umbrales del resto disminuyen y viceversa. Delimitando un SOS a partir de impactos climáticos y humanos, al disminuir la presión antrópica, el umbral para los impactos climáticos por encima del cual el ecosistema colapsaría aumenta y, por tanto, aumentaría la capacidad del ecosistema de resistir a los impactos ambientales asociados al cambio climático. Para delimitar espacialmente los potenciales impactos que afectarían el mar Mediterráneo, se han combinado múltiples metodologías y bases de datos como las series temporales más largas existentes de datos de teledetección -imágenes de satélites espaciales- que proporcionan información sobre, por ejemplo, la temperatura de la superficie marina. Se han utilizado también los datos sobre la distribución de la presión pesquera proporcionada por la ‘Global Fishing Watch'. Según el estudio, aquellas zonas más afectadas por los impactos humanos serían potencialmente más vulnerables al cambio climático. En concreto, los resultados muestran que hay determinadas zonas particularmente vulnerables como el mar Adriático, el mar Egeo, la costa africana o el mar Catalán, donde la intensidad de pesca es muy elevada. Si a esto se le suma el incremento de la temperatura del mar provocada por el calentamiento global, el resultado es que habrá especies de gran valor comercial como la sardina que se verán particularmente impactadas, ya que es extremadamente sensible al incremento de la temperatura. El saber cómo se distribuyen espacialmente estas amenazas puede ayudar a la gestión de determinadas actividades como la pesca. Por ejemplo, puede servir para regular estas actividades en áreas particularmente afectadas o desplazar la pesca a zonas que estén menos impactadas por otras amenazas. Está aproximación permite evidenciar dónde se debería de actuar localmente para minimizar los impactos de un problema global como es el cambio climático. Las administraciones locales no pueden por si solas combatir el cambio climático, ya que requiere el consenso y la actuación de toda la comunidad internacional. Sin embargo, gestionando otros posibles impactos más locales se puede disminuir la "vulnerabilidad" de determinadas áreas y ecosistemas al cambio climático. Además de combatir el calentamiento global, una posible medida de mitigación pasaría por gestionar impactos más locales. informacion[at]ebd.csic.es: Ramírez et al (2018) Spatial congruence between multiple stressors in the Mediterranean Sea may reduce its resilience to climate impacts. Scientific Reports 8:14871 DOI 10.1038/s41598-018-33237-w


https://www.nature.com/articles/s41598-018-33237-w