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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Interacciones entre ungulados domésticos y silvestres

Interacciones entre ungulados domésticos y silvestres

El control de las infecciones compartidas por la vida silvestre y el ganado requiere la comprensión y cuantificación de las interacciones interespecíficas entre las especies involucradas. Esto es particularmente importante en sistemas extensos de múltiples huéspedes, en los cuales los animales domésticos en extensivo interactúan con especies silvestres, abundantes y en expansión, como son los ungulados silvestres. Se cuantificaron las interacciones interespecíficas entre el jabalí y el ganado mostrenco en la España mediterránea, junto con su variabilidad espacio-temporal. Se utilizaron collares GPS-GSM para monitorear 12 vacas y 14 jabalíes en el Parque Nacional de Doñana entre 2011 y 2013. Las interacciones se definieron como encuentros entre ganado y animales silvestres, dentro de una ventana espacio-temporal de 52 metros y 1 hora. En promedio, cada jabalí interactuó con una vaca 1.5 ± 0.5 (SE) veces por día, mientras que cada vaca interactuó con un jabalí 1.3 ± 0.4 (SE) veces por día. La frecuencia de interacción fue significativamente mayor durante las horas crepusculares debido a la superposición de la actividad de ambas especies, y también durante la primavera y otoño, probablemente debido a una mayor agregación individual en torno a los recursos compartidos. Finalmente, la frecuencia de interacción fue mayor cerca de los recursos compartidos más significativos (por ejemplo, puntos de agua) pero fue menor en áreas con vegetación densa. Los resultados presentados aquí muestran la utilidad de la monitorización GPS en cuanto a cuantificar las interacciones y ayudar a comprender el proceso de transmisión de patógenos en la interfaz fauna silvestre-ganado en la España mediterránea, junto con los principales factores de riesgo espacio-temporales. En un escenario cambiante, las poblaciones europeas de ungulados silvestres están aumentando y se requieren medidas más eficientes para controlar las interacciones entre éstas y el ganado. Estos resultados, por lo tanto, proporcionan hipótesis de trabajo que podrían usarse para diseñar programas de control de enfermedades de transmisión animal. informacion[at]ebd.csic.es: Triguero-Ocaña et al (2019) Spatio-temporal trends in the frequency of interspecific interactions between domestic and wild ungulates from Mediterranean Spain. PLoS ONE https://doi.org/10.1371/journal.pone.0211216


https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0211216