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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Comprendiendo las respuestas de las poblaciones de aves residentes y migratorias al calentamiento global

Comprendiendo las respuestas de las poblaciones de aves residentes y migratorias al calentamiento global

Muchos organismos ajustan su fenología reproductiva en respuesta al cambio climático, pero la sensibilidad fenológica a la temperatura puede variar entre las especies. Por ejemplo, las aves residentes y migratorias tienen ciclos anuales muy distintos, que pueden causar una sensibilidad diferente a la temperatura en los lugares de reproducción, y pueden afectar la dinámica competitiva. Sin embargo, actualmente el ajuste al cambio climático en aves residentes y migratorias se ha estudiado por separado o en escalas geográficas relativamente pequeñas utilizando diferentes periodos de tiempo y metodologías. Aquí se compararon los efectos de la temperatura en aves residentes y migratorias utilizando las fechas de inicio de la puesta en 10 lugares de reproducción de aves en Europa entre 1991 y 2015 estudiados mediante un seguimiento a largo plazo de cajas nidos con datos sobre al menos una especie de carbonero (ave residente) y una de papamoscas (ave migratoria). Tanto los carboneros como los papamoscas han adelantado la puesta en respuesta al aumento de temperatura en primavera, pero las poblaciones de carboneros residentes lo han adelantado en mayor medida que los papamoscas migratorios. Estas diferentes respuestas al cambio en la temperatura ya han llevado a una divergencia en las fechas de puesta entre el carbonero y el papamoscas de un promedio de 0,94 días por década durante el período de estudio actual. Curiosamente, esta divergencia fue más fuerte en latitudes más bajas, donde el intervalo entre la fenología del carbonero y el papamoscas es menor y las condiciones de invierno pueden considerarse más favorables para las aves residentes. Esto podría indicar que el ajuste fenológico al cambio climático por parte de los papamoscas se ve cada vez más dificultado por la competencia con especies residentes. De hecho, la fecha de la puesta del carbonero tuvo un efecto adicional en la fecha de la puesta del papamoscas después de controlar por la temperatura, y este efecto fue más fuerte en las áreas con el intervalo más corto entre ambos grupos de especies. En conjunto, los resultados sugieren que el efecto diferencial del cambio climático sobre los grupos de especies con solapamiento en la ecología reproductiva afecta el intervalo fenológico entre ellos, lo que podría afectar las interacciones interespecíficas. informacion[at]ebd.csic.es: Samplonius et al (2018) Phenological sensitivity to climate change is higher in resident than in migrant bird populations among European cavity breeders. Global Change Biol Doi 10.1111/gcb.14160


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/gcb.14160