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La optimización de protocolos para la extracción de ADN de muestras fecales

La secuenciación de alto rendimiento ofrece nuevas posibilidades en ecología molecular y biología de la conservación. Sin embargo, el potencial de esta técnica no ha sido totalmente explotado para estudios no invasivos, a partir de muestras fecales, de fauna silvestre. La secuenciación de alto rendimiento permite la secuenciación de fragmentos de ADN cortos y podría permitir el genotipado simultáneo de un gran número de muestras y marcadores a un bajo coste. La aplicación de estas técnicas a muestras fecales de fauna silvestre ha sido obstaculizada por la gran cantidad de trabajo requerido en varios pasos, desde la recolección de muestras hasta la secuenciación. Se han evaluado protocolos alternativos que podrían permitir un mayor rendimiento en dos de estos pasos: muestreo de campo y extracción de ADN. En este trabajo se compararon dos métodos distintos de conservación de las muestras obtenidas en el campo y siete métodos de extracción de ADN para heces de lobos (Canis lupus). Se observó una gran variación en el éxito de genotipado según los protocolos que se sigan. El método de muestreo de campo basado en frotado superficial de los excrementos dio resultados peores que la recolección de un fragmento del excremento. Por otro lado, los protocolos para la extracción de ADN mostraban resultados muy variables y ofrecen mucho margen de optimización y mejora. La optimización de protocolos puede llevar a un monitoreo no invasivo mucho más eficiente, económico y con mayor rendimiento. La selección de marcadores apropiados sigue siendo de importancia vital para incrementar el éxito de genotipado. informacion[at]ebd.csic.es: Sarabia et al (2020) Towards high-throughput analyses of fecal samples from wildlife. Animal Biodiver Conserv 43.2: 271–283 Doi 10.32800/abc.2020.43.0271


http://abc.museucienciesjournals.cat/volum-43-2-2020/towards-high-throughput-analyses-of-fecal-samples-from-wildlife/?lang=en
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Ecología alimentaria y relaciones tróficas de los tiburones pelágicos y peces espada

Ecología alimentaria y relaciones tróficas de los tiburones pelágicos y peces espada

Los peces pelágicos mayores son súper depredadores que habitan la columna de agua de las zonas tropicales y subtropicales del océano Pacifico. Estas especies son altamente migratorias, y en las pesquerías del Ecuador son un importante recurso económico. Se muestrearon cuatro especies de tiburones, Prionace glauca, Isurus oxyrinchus, Carcharhinus falciformis y Alopias pelagicus, además de tres peces espada, Xiphias gladius, Istiophorus platypterus y Makaira nigricans, para que a través de la combinación de análisis de contenidos estomacales y de isotopos estables se entienda la ecología alimentaria y las relaciones tróficas entre estos depredadores. Los resultados mostraron que los valores de ?13C fueron similares entre las siete especies (valores entre ?16.45‰ for M. nigricans to ?16.73‰ for C. falciformis) lo que sugiere que todos ellos utilizan recursos alimentarios de un área similar frente a las costas de Ecuador. Los valores de ?15N fueron diferentes entre los depredadores (el menor valor fue 13.83‰ para A. pelagicus y el más alto fue 18.57‰ para P. glauca) mostrando una segregación en el uso de las presas de la columna de agua y/o en la dieta. Los tiburones I. oxyrinchus y P. glauca tuvieron valores altos de ?15N y se alimentaron principalmente de cefalópodos en comparación con los otros depredadores que se alimentaron principalmente de peces. A pesar del uso común de cefalópodos en la dieta de los pelágicos mayores, estos resultados mostraron que las especies de tiburones se segregan de acuerdo a los recursos alimentarios que consumen. informacion[at]ebd.csic.es: Rosas-Luis et al (2017) Feeding ecology and trophic relationships of pelagic sharks and billfishes coexisting in the central eastern Pacific Ocean. MEPS 573:191-201 DOI: 10.3354/meps12186


http://www.int-res.com/abstracts/meps/v573/p191-201/