En el espacio natural de Doñana (END) conviven 20 especies de reptiles escamosos, de los cuales cuatro son endemismos ibéricos.  El seguimiento de la comunidad de reptiles se inició en Doñana en 2003, con el fin de recoger datos sobre la distribución y abundancia de las especies tanto en el espacio como en el tiempo. El método de muestreo usado hasta la fecha, ha consistido en registrar todos los individuos observados en siete transectos que discurren por distintos tipos de hábitats (dunas y monte mediterráneo). Se realizan en los meses de mayor actividad de los reptiles (marzo-mayo y septiembre-octubre). En estos muestreos se pueden llegar a observar cinco especies de lagartijas, un lagarto y dos salamanquesas, las cuales suelen detectarse activamente asoleándose fuera de la vegetación o en las pasarelas de madera. Sin embargo, las especies de hábitos fosoriales o más esquivas (eslizones, culebras o víbora hocicuda), precisan de otras metodologías de muestreo, como es la búsqueda directamente en sus refugios naturales. Normalmente los reptiles se refugian bajo grandes piedras, pero ante la ausencia de piedras en Doñana usan la vegetación, madrigueras o troncos y por lo tanto es más difícil detectarlos.

Ante la escasa información sobre la abundancia y distribución de este grupo de reptiles mediante los censos establecidos, en la primavera de 2021 el Equipo de Seguimiento de Procesos Naturales de Doñana, diseñó un estudio piloto para potenciar su visibilidad incorporando refugios artificiales. El estudio consistió en la incorporación de tablones de madera de pino de dos dimensiones (80x60 cms los pequeños y 60x120 cms los grandes), y de refugios de odulines en cuatro puntos de la Reserva. Estos refugios se integran bien en el paisaje y actúan como buen aislante térmico. El muestreo se realizará al menos una vez al mes, entre dos personas, registrando el número de individuos de cada especie y de cualquier otro taxón que esté haciendo uso de ellos o sus alrededores.

En los primeros muestreos de 2021 se han observado varios individuos de eslizón ibérico (Chalcides bedriagai) y salamanquesa común (Tarentola mauritanica). También se han detectado  micromamíferos, anfibios y escorpiones, las cuales son presas potenciales de reptiles. Sin embargo, no se han observado ofidios. En febrero de 2022 hemos hecho el primer muestreo y hemos observado un individuo de lagartija de Carbonell (Podarcis carbonelli), endémica de la Península Ibérica.  El estudio se prolongará hasta dos años, para poder disponer de información suficiente que permita determinar la utilidad de los refugios para el seguimiento de la distribución y abundancia de reptiles en Doñana a largo plazo.