PID2024-160599NA-I00 - Regulación genómica del desarrollo vivíp

Este proyecto tiene como objetivo descubrir los mecanismos genómicos y transcriptómicos que sustentan la transición de la oviparidad a la viviparidad en Nectophrynoides y sus implicaciones para la diversificación. Específicamente, buscaremos: 1) Secuenciar y ensamblar el genoma de N. asperginis, proporcionando el primer genoma de un anfibio vivíparo. 2) Identificar las firmas genómicas asociadas con la evolución de la viviparidad, incluidas las adaptaciones en regiones codificantes y no codificantes. 3) Analizar las dinámicas de expresión génica durante el desarrollo embrionario y larval, comparando trayectorias de desarrollo vivíparas y ovíparas. 4) Caracterizar los cambios en la expresión génica que impulsan la remodelación del oviducto durante la gestación en anfibios vivíparos. 5) Resolver las relaciones filogenómicas dentro del linaje Nectophrynoides, revelando diversidad críptica, historia filogeográfica y señales genómicas de especiación a lo largo de gradientes altitudinales. Al abordar una brecha importante en la genómica de vertebrados, este proyecto proporcionará conocimientos críticos sobre los mecanismos moleculares que impulsan la evolución de la viviparidad, destacando cómo los rasgos complejos pueden evolucionar de forma repetida y bajo diferentes restricciones evolutivas. A una escala macroevolutiva, este trabajo también iluminará cómo la viviparidad contribuye a la diversificación y la adaptación ecológica en los anfibios. This project aims to uncover the genomic and transcriptomic mechanisms underlying the shift from oviparity to viviparity in Nectophrynoides and its implications for diversification. Specifically, we will: 1) Sequence and assemble the genome of Nectophrynoides asperginis, providing the first genome for a viviparous amphibian. 2) Identify genomic signatures associated with the evolution of viviparity, including adaptive changes in coding and non-coding regions. 3) Analyze gene expression dynamics during embryonic and larval development, comparing viviparous and oviparous developmental trajectories. 4) Characterize gene expression changes driving oviduct remodeling during gestation in viviparous amphibians. 5) Resolve the phylogenomic relationships within the Nectophrynoides lineage, uncovering cryptic diversity, phylogeographic history, and genomic signals of speciation across elevational gradients. By addressing a major gap in vertebrate genomics, this project will provide critical insights into the molecular mechanisms driving the evolution of viviparity, highlighting how complex traits can evolve repeatedly and under different evolutionary constraints. At a macroevolutionary scale, this work will also illuminate how viviparity contributes to diversification and ecological adaptation in amphibians.